ร้อยเป็นอาวุธเดียวที่สามารถตอบโต้รูปแบบชีวิตอำมหิตลึกลับที่โจมตีโลกได้ ฮายาโตะ คิซารากิ ได้ลงทะเบียนเรียนในเรือ Little Garden ของโรงเรียนสอนการเดินเรือที่ประสบความสำเร็จในการเป็นผู้สังหารผู้ถือร้อยคนนี้ อย่างไรก็ตาม เขารู้สึกแปลกแต่ก็คุ้นเคยถึงความไม่ลงรอยกันของเอมิล ครอสฟอร์ด เพื่อนร่วมห้องของเขาที่รู้จักเขาจากที่ไหนสักแห่ง ยิ่งไปกว่านั้น ทันทีที่เขาเข้ามาในโรงเรียน เขาถูกท้าทายให้ดวลกับ “ราชินี” และแคลร์ ฮาร์วีย์ ผู้สังหารที่มีอำนาจมากที่สุดของโรงเรียน